Une vingtaine d'experts de la coopération au développement travaillent bénévolement et assurent le bon fonctionnement de la fédération.
Les associations membres forment l'Assemblée générale de Latitude 21.
Le Conseil est l'organe dirigeant de Latitude 21. Composé de neuf membres bénévoles, il veille à la bonne marche de la fédération.
Le Secrétariat est l'organe exécutif de la fédération. Il soutient et coordonne les activités du Conseil et des trois Commissions.
La Commission des projets s'assure que les projets déposés répondent à des critères qualitatifs précis. Elle évalue les projets déposés et suit la mise en œuvre des projets soutenus.
La Commission financière suit la gestion financière des associations membres. Elle assure aussi le pilotage du système de contrôle interne de Latitude 21.
La Commission d'information et de communication est chargée d’informer et de sensibiliser la population neuchâteloise aux questions qui touchent à la coopération au développement.